En el sector secundario existen diversas y pequeñas asociaciones que están transformando los productos primarios, lo cual es una alternativa de generación de Empleo a través de la integración y conformación de grupos, mejorando la calidad de vida aplicando desarrollo sostenible. Los que actualmente está funcionando son aproximadamente 60 asociaciones o grupos de trabajo, como empresas Cooperativas Asociativas de Trabajo o Empresas Asociativas de Trabajo sin ánimo de Lucro, las cuales están bien organizadas y desarrollan convenios o contratos de trabajo con las entidades del Sector Público y privado de la región.
En el Municipio de Mocoa hay actualmente 10 aserríos o talleres que principalmente transforman la madera vasta en piezas que se usan para la construcción, las especies generalmente son: Sangretoro, Caracolí, Guarango, Zapote entre otros.
La Actividad principal de los habitantes del Municipio de Mocoa radica en la agricultura con una gran variedad de productos como: el maíz , plátano, yuca, caña panelera, frutales como piña y cítricos.
La Ganadería, este sistema es de una gran importancia ya que hay unas 27.000 Hectáreas en potrero y corrigiendo las tecnologías utilizadas, puede impulsarse procesos de fabricación de lácteos.
Tiene menor significancia lo relacionado con el comercio ya que por ser la capital administrativa del Putumayo se ha concentrado gran cantidad de establecimientos comerciales como son de productos alimenticios; vestuario, cacharrerías, misceláneas, floristerías y artesanías; artículos para el deporte en general, calzado; Concesionarios de Motos Yamaha, Motos Suzuki, Motos Jialing, Motos Kawasaki, etc... en gran parte constituye un generador de trabajo y de ingresos para la población. Debido a ser Capital del Departamento, gran parte de personas se dedican a laborar en las diferentes entidades Públicas existentes como son la Gobernación, Corpoamazonia, Alcaldía, Procuraduría, Fiscalía, Contraloría, INCORA, Secretaría de Educación, Bancos, Cooperativas, Fondos de Empleados, entre otras.
Sacando arena de los ríos, como un medio de trabajo para cubrir las necesidades básicas de algunas familias.
